2003年に「犯罪被害者の遺体修復費用の国庫補助予算」が国会で成立し、海外でテロの被害によって亡くなった外務官に対し、公費で遺体処置が施された。
しかし、公費負担による遺体の修復は国内では北海道と埼玉県以外では、行われていない。また、遺体に対する切開や縫合は認められず、遺体の清拭と化粧・着付けの処置範囲に留まり、遺体の創部へは絆創膏や包帯でのカバーが行われているために、エンバーミングとは言えないのが現状である（費用も数万円でエンバーミング起用の7分の1程度）。同処置は司法解剖を受けた遺体に限定されることや都道府県の予算化が進んでいないことも、公費負担による処置が行われる地域が広がらないことの問題である。海外で犯罪に巻き込まれ死亡した一般市民に対する遺体修復費は適応されていない。厚生労働省、環境省および関係省庁は現在（2007年7月）までにエンバーミングについての明確な見解や指針を示しておらず、国会議員の中からも法整備を求める動きは目立って見られない。少なくとも現時点では、日本におけるエンバーミングは法の狭間にある存在で「違法とする法令がなく、少なくとも違法ではない」というグレーな立場にある。 エンバーミングに関する民事訴訟の判例をみると、日本遺体衛生保全協会が規定している自主基準を遵守か関係法令、節度を持って行っている限り、「日本国内では、遺体に対する配慮とご遺族の自由意志に基づいたものである限り、医学資格を有しない者がエンバーミングを行なっても違法とは言えない」と判断をしている。 厚生労働省の判断は、監督を行っている医療の観点から、「遺体への切開や縫合を伴うエンバーミングは、医学に関する国家資格を有する者が行なうことが望ましい」（通知に基づく）としている。 葬儀社社員が遺体に対し切開や縫合、エンバーミングを行なった場合、その処置が節度を欠いたものであったり、遺族の意思に反するものであれば、「現行法令では違法ではなく、罰則もない」との厚生労働省の判断があっても、民事問題に発展する可能性はある。ただし、死体損壊罪適応は困難であり、刑事事件として立件することは難しい。
悪いことに、一部の葬儀社が営利追求のため、専門知識を有しない社員に遺体への縫合や止血などの修復処置を「エンバーミング」と偽り（エンバーミングの定義が明確でないため）、遺族の書面による意思表示や承諾を受けないままに行わせたり、遺体から抜き出した血液（感染症のおそれがある）を処理せずに公共下水道に流したり、その血液のついた廃棄物を不適切に処分するなどの不適切な遺体処置が行われ、エンバーミングに対する不信感も増えている。多くの葬祭場が反対運動を受けたのと同様に、エンバーミング施設（医学系を除く全てが葬儀施設に付帯する）が、周辺住民による反対運動や行政機関からの反対を受けたことがあった。また、行政決議や住民との合意に基づき移転を余儀なくされた事例もある。 現在は、遺体に対しエンバーミングを含む種々の処置が行われた結果、顔貌が生前と大きく変わってしまう場合がある。これも苦情や民事訴訟の原因となる。
エンバーマーの養成は国内法令に基づくものではなく、葬儀企業内研修や葬儀系学校が行う講習や研修として位置づけられている。その内容は学歴として公的に認められない等の問題もある。
また、医療機関で看護師により行われる『エンゼルケア』により、消毒や化粧がすでに施された遺体へ対し、さらにエンバーミングを行い高額な費用を請求して問題になるケースがある。通常の遺体に対するエンバーミングは、医学的・公衆衛生的見地から疑問が呈されることも多い。不適切・不必要なエンバーミングによる問題の発生を防ぐには、顧客（遺族）の要望が正確に反映されるようにすることである。 日本におけるエンバーミングの今後にとって重要なのは、消費者である遺族に対して、具体的な処置内容とその効果、同処置によって発生する問題などについて説明責任を十分に果たし、同意を得、契約を交わすこと。そして、処置技術者のレベルを向上させる努力をする、施設周辺の環境に配慮し情報を公開するなど、企業としてコンプライアンスと社会的責任を果たすことである。エンバーミングを金儲けの手段とのみ考え、功利主義にはしる業者は、消費者に淘汰されるだろう。 消費者側に要求されるのは、感情にとらわれたり、マスコミの情報に流されたりすることなく、正しい知識を基に判断しようとする姿勢である。
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