哲学はその黎明期において、科学において大切でかつ難しいといわれる仮説の発明を、重要な形で成してきた[9]。自然科学と哲学は（そもそも19世紀に至るまでは、自然科学を指す言葉として「自然哲学」という言葉が使われていたことからも分かるように）伝統的には切れ目のないひとまとまりの領域として扱われてきたが、その中においても今から振り返って、「自然科学的」な部分と「哲学的」な部分を区別することができる。そうした「自然科学的」部分は伝統的に人間の作為を含まない対象（自然）を観察、分類することを主眼としてきた。
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また近代に至っては実験という形で積極的に自然に介入することを重視する実験科学が登場しさらに19世紀以降には目に見えるものからその背後の秩序を推測してモデル化するという営みが科学の中心となってきた。一方「哲学的」な部分では昔も今も観察や実験が果たす役割は限定的である。
例えば、時間について考察する哲学者は同じ問題を扱う物理学者とは違い観察や実験の積み重ねによらず結論を導くことがある。また、哲学者は物理学の成果を参照しそれを手がかりに哲学的思索を行うことはあるが、現代において物理学者が（自然）哲学の成果を積極的に参照することは少ないようである[10]。